Localizado no primeiro andar, o acervo de Obras Raras reúne livros e manuscritos considerados raros. Seu acesso é restrito, e dentre as obras estão: Hiléia Amazônica (Gastão Cruls); Município de Belém (Antônio Lemos); Tratado de Demarcação de Limites entre Brasil e Guiana Inglesa em três volumes (1903); Motins Políticos (Domingos Antônio Rayol); Registro de Terras do Pará (Domingos Paiva Muniz); Leis do Império e da República , desde 1810 e a obra Diálogos de Platão impressa em quatro volumes, em grego, utilizada para a tradução pelo Prof. Benedito Nunes.

Dentre os manuscritos guardados no cofre da BC, destacam-se: Cartas Particulares de Karl Friedrich Von Martius, escritas em alemão em número de 12, de 1821 a 1858; Cartas Particulares de Dr. Theodor Koch-Grünberg (1904); o Diário Particular do Dr. Jayme Cardoso , ex- embaixador do Brasil na Itália, constituído por 63 cadernos e os Diálogos de Platão , em seis volumes, única tradução em língua portuguesa feita diretamente do grego, pelo filósofo Carlos Alberto Nunes, estruturada em 14 volumes e editada pela UFPA.